Non credo ci siano problemi ad usare matlab, con entrambi i sistemi operativi...
forse un po' di lentezza ogni tanto ma niente di grave.
Approfitto del post e mi permetto di consigliarti
octave, un'alternativa libera compatibile con il linguaggio del matlab (puoi quindi utilizzare lo stesso codice già scritto per matlab senza avere alcun problema di compatibilità

).
Con Ubuntu l'installazione non richiede più di un
Code:
sudo apt-get install octave3.0
in un terminale, quindi merita di essere provato.

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